Uzun Kodlamayan RNA DANCR’ın DNA Hasarına Karşı Rolü


Öğrenci: GÜLİN BARAN

Danışman: Emre Deniz

İnsan Genom Projesi’ni takip eden gelişmeler, yeni nesil dizileme teknolojisinin gelişmesiyle birlikte yeni genleri tanımlayarak aydınlattı. Bu, insan genomunun %70'inden daha fazla bir kısmının transkribe olan gen lokusuna sahip olduğunu, fakat bu transkriptlerin sadece %2'sinin moleküler yolda işlevsel olan proteinlere transle olduğunu ortaya çıkardı, Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), 200'den fazla nükleotitten daha uzun olup, kodlamayan transkriptlerin önemli bir bölümünü oluşturur. Araştırmacılar, literatürdeki lncRNA'ların hücresel yolaklar ve çeşitli hastalıklardaki görevleri hakkında eksikliklere odaklanmalarına rağmen, liste tamamlanamayacak kadar büyüktür. Farklılaşmaya Antagonize Protein Kodlamayan RNA (DANCR), çeşitli kanserlerde onko-lncRNA olma potansiyeline sahip bu faktörlerden biridir. Bu özelliğin, DANCR'a proliferasyon, istila ve metastaz yapma yeteneği verdiği bilinmektedir. Bu bulgulardan farklı olarak, araştırmamızda, DANCR'ın DNA hasarına cevap verdiği kanıtlanmıştır. Doksorubisin ile muamele edilmiş insan kolorektal kanseri (HCT116) ve fare embriyo fibroblast (MEF) hücreleri ile yapılmış RNA-seq analizine göre, DANCR ifadesi, DNA hasar sonucunda baskılandı. HCT116 hücrelerinin uzun süreli muamelesi, DANCR ifadesinin değiştirdi. DANCR'ın HCT116 hücrelerinin büyüme davranışını nasıl etkilediğinin yorumlanması amacıyla CRISPR/Cas9 gen düzenleme teknolojisi kullanılarak gen hücrelerden silindi. Silme işleminin genotipleme PZR, qRT-PZR ve Sanger dizileme ile onaylanmasından sonra; DANCR nakavt hücrede proliferasyonun, kolonizasyonun ve göçün yavaşlamasına rağmen, bu hücrelerin doksorubisine karşı ebeven hücreye göre daha dirençli olduğu belirlendi. Bu yüksek lisans çalışması, DANCR'ın kolorektal kanserde DNA hasarı tepkisinin varlığında hücresel süreçteki sorumluluklarını belgelemektedir.