İNTRAVENTRİKÜLER MENİNGİOMLARDA KÖKENE YÖNELİK METİLOM ANALİZİ
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ZEYNEP HÜSEYİNOĞLU
Danışman: Koray Özduman
Özet:
Giriş:
Meningiomların köken aldığı hücre halen kesin olarak bilinmemektedir.
Literatüre hakim olan “arachnoid cap” hücresi kökeni teorisinin ardındaki
bilimsel kanıt zayıftır. Meningiomların kökeni konusunda daha fazla bilgi
edinebilmek için intraventriküler meningiomları model olarak kullandık, çünkü
bu yerleşimde meninks yapısı bulunmamasının meningiomların kökeni konusunda
karşılaştırmalı kanıt sağlayabileceğini düşündük. Daha önceki çalışmalarımız,
intraventriküler meningiomların koroid pleksus ile benzer olduklarına işaret
etmekteydi. Hipotezimiz, intraventriküler meningiomların kalvaryal meningiomlarla
aynı kökenden geldiği idi.
Yöntemler:
Bu bir translasyonel tıp çalışmasıdır. Analiz toplamda altı basamakta
gerçekleştirildi: (i) 25 intraventriküler meningiom histopatolojik olarak
incelendi. (ii) Formalin ile fikse parafin blok (FFPE) örneği mevcut olan 8
adet intraventriküler meningiomda Conumee 2.0 kullanılarak kopya sayısı analizi
yapıldı. (iii) 8 adet intraventriküler- ve 69 kalvaryal-meningiom Illumina
HumanMethylation EPICv2 array ile analiz edildi; (Heidelberg/DKFZ beyin tümörü
sınıflandırıcısı v12.8) ile sınıflandırma ve kopya sayısı varyasyon analizi gerçekleştirildi;
(iv) Metilom benzerliğini değerlendirmek amacıyla denetimsiz kümelenme analizi
(PaCMAP) yapıldı. (v) Biyobankada mevcut taze dondurulmuş doku örneği bulunan intraventriküler
(n=5) ve konveksite (n=42) meningiomlarında sıvı kromatografisi-tandem kütle
spektrometrisi (LC-MS2) tabanlı proteom analizi uygulandı ve denetimsiz
kümelenme analizi (PaCMAP) ile benzerlik analizi gerçekleştirildi. (vi) Son
olarak, DMARcate kullanılarak 8 intraventriküler- ve 27 NF2 açısından zenginleşmiş
meningiomda farklı metillenmiş bölge analizi yapıldı.
Bulgular:
Histolojik olarak intraventriküler meningiomlar fibröz/transizyonel (n:21),
meningotelyal (n: 2), ve diğer (n:2) histolojik alt tipler şeklindeydi. Metilom-sınıflama
analizinde 8/8 intraventriküler meningiom “meningiom” olarak sınıflandı (4
MC-Ben1, 3 MC-int A, 1 MC-int B). 8/8 meningiomda kromozom 22 kaybı gözlendi.
Metilom-PaCMAP analizinde iki küme tanımlandı; 8/8 intraventriküler meningiom, kalvaryal
meningiomlarla aynı küme içinde yer aldı. Bu alt-küme (yerleşim yeri, DSÖ
grade’i, histolojik alt tip ve cinsiyet) karıştırıcı değişkenleri dikkate
alınarak değerlendirildiğinde intraventriküler- ve kalvaryal-meningiomların ayrı
kümelenmedikleri gözlendi. Proteom (LC-MS2)-PaCMAP analizinde intraventriküler-
ve NF2 açısından zenginleşmiş konveksite meningiomlarının ayrı kümelenmedikleri
gözlendi (adj. p değeri<0.05). Karıştırıcı değişenler küme (yerleşim yeri,
DSÖ grade’i, histolojik alt tip) açısından fark izlenmedi. İntraventriküler ve
NF2 açısından zenginleşmiş kalvaryal meningiomların farklı metillenmiş bölge
analizinde ise toplam 553 adet farklı metile bölge saptandı (FDR<0.05). En
güçlü değişim gözlenen bölgelerin sayısı toplamda 11 adet olarak belirlendi
(FDR<0.001).
Sonuç:
İntraventriküler- ve konveksite-meningiomları benzer histopatolojik, kromozom
kopya kaybı, metilom ve proteom özellikleri göstermektedir; bu da büyük
olasılıkla ortak bir hücresel kökene sahip olduklarını düşündürmektedir. Bu
bulgular, insanda ventrikül içinde meningeal bir yapı olmadığı göz önünde
bulundurularak, intraventriküler- ve konveksite-meningiomlarının ortak ve daha
ilkel bir progenitörden köken aldıkları fikrini desteklemektedir.