Arayüz Ortamında Mantar Hidrofobin RodA Davranışının Karşılaştırmalı Moleküler Dinamik Analizi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Biyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: İrem Kara
Danışman: Günseli Bayram Akçapınar
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Aspergillus fumigatus fırsatçı bir insan patojenidir ve bağışıklık yetersizliği olan konakçılarda ciddi solunum yolu hastalıklarına neden olur. Enfeksiyona eşeysiz sporlar (konidia) aracılık eder ve konidia yüzeyi hidrofobin adı verilen özel amfipatik proteinlerle kaplıdır. Bu proteinler, hücre duvarı bileşenlerini, özellikle de patojene karşı bağışıklık tepkisini tetikleyen polisakkaritleri maskeler. A. fumigatus Sınıf I RodA hidrofobini, çubuksu yapılarının paralel düzenlenmesinden kaynaklanan karakteristik bir morfolojiye sahip, oldukça düzenli amfipatik katmanlar halinde birleşir. Çubuklar, nörodejeneratif ve metabolik hastalıklara neden olan amiloid proteinlere benzer şekilde beta-yaprakları açısından zengin amiloid benzeri yapılardan oluşur. Ayrıca, hidrofobinler hidrofilik/hidrofobik arayüzlerde katmanlar oluşturabilir. Aynı sınıftaki hidrofobinler benzer morfolojik karaktere sahip katmanlar halinde düzenlense de kendiliğinden düzenlenmede görev alan yapısal bölgeler değişiklik göstermektedir. RodA hidrofobininin kendiliğinden düzenlenmesindeki kilit bölgeler ve katmanların olası yapı taşları daha önceki çalışmalarda önerilmiştir. Bununla birlikte, kendiliğinden düzenlenme mekanizmalarının atomik detayları henüz bilinmemektedir. Bu tezde, kendiliğinden düzenlenmenin ilk adımları hakkında fikir edinmek için hava/su arayüzlerinde tüm atom MD simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Düzenlenmeyi hızlandırmak ve periyodik resimlerle etkileşimi engellemek için su kutularının kenarlarına yakın su moleküllerine kısmi konum kısıtlamaları uygulanmıştır. Kümelenme davranışının büyük ölçüde ilk yönelimlere bağlı olduğu gözlemlenmiştir ve hem L2 hem de L3 döngülerinin arayüzüde havaya doğru dönerek üst üste binmekten ziyade yan yana hizalandığı bir kendiliğinden düzenlenme modeli önerilmiştir.