Development of high throughput methods for high capacity expression and purification of novel antimicrobial peptides to be used in medicine

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, TIP MÜHENDİSLİĞİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2020

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: GİZEM BOSKAN

Danışman: Özge Can

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Antimikrobiyal peptitler (AMP'ler) biyoteknolojik ilaç endüstrisinde aday moleküller olarak güçlü bir ilgiye sahiptir. Büyük ölçekli üretimleri için sadece kimyasal sentez teknikleri dikkate alındığında önemli zorluklar ile karşılaşılabilir. AMP'lerin biyolojik olarak üretimlerinde, ekspresyonları ve saflaştırılmaları sırasındaki zorlukların üstesinden gelebilmek için füzyon partneri denilen proteinler ile beraber eksprese olacakları metotlar geliştirilmektedir. Bu çalışmada, TN1 ve TN3 AMP'lerinin üretimleri için farklı füzyon partnerleri kullanılarak gen yapıları tasarlanmış ve bu partnerlerin ekspresyon sonrası uzaklaştırılabilmesi için farklı kesim yöntemlerinin uygulanmasını sağlayacak olan özel bölgeler bu tasarımların içinde yer alarak ligasyondan bağımsız klonlama tekniği için seçilen vektörler içerisine yerleştirilmiştir. Bakteriyel sistemler kullanılarak proteinler eksprese edilmiş ve ekspresyon koşulları çözünebilir / çözünemeyen protein sistemlerinin eldesine göre incelenmiştir. İnklüzyon cisimcikleri içerisinden proteinlerin ekstraksiyonu ve saflaştırılması için farklı teknikler denenmiştir. Çözünebilir fraksiyondaki His-tag'li proteinler saflaştırılmış ve füzyon partnerlerinin uzaklaştırılması için formic asit ve TEV proteazı ile kesim için farklı koşullar denenmiştir. Kesilen protein parçaları, boyut ve aktivitelerine göre incelenmiştir. TN1 ve TN3 peptitlerini proteazlara karşı dirençli hale getirmek ve daha etkin olmalarını sağlayabilmek için biyouyumlu polimerler ile konjugatlarının eldesi için farklı stratejiler geliştrilmiştir. N ve C uçlarından sistein amino asiti ile modifiye edilmiş olan peptitler katı faz peptit sentezleyici ile sentezlenmiş ardından ters faz yüksek basınçlı sıvı kromatografi (RP-HPLC) sistemleri ile karakterize edilmiştir. Peptitler, PEG polimer zincirleri ve tek veya çift peptit bağlanmasına imkan tanıyan farklı ara bağlayıcılar ile konjuge edilmiştir. Elde edilen konujagatlar, RP-HPLC ile analiz edilmiştir.