"Molecular modelling of antimicrobial peptides and polymers
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: Sena Atasever
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Tuğba Arzu Özal İldeniz
Eş Danışman: Nihan Ünübol
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Son yıllarda, ilaca dirençli bakteriler artış göstermiştir. Dirençli bakteriler nozokomiyal enfeksiyon riskini arttırır ve bu da hastanelerde morbidite ve mortalite oranlarını yükseltir. Bu nedenle antibiyotiklere karşı yeni ve etkili alternatiflere duyulan ihtiyaç gündeme gelmeye başlamıştır. Antimikrobiyal peptitler (AMP'ler), araştırma alanında, terapötik ajanlar olarak çok çekici bir alternatif haline gelmiştir. Diğer bir alternatif ise daha ekonomik ve daha yüksek miktarlarda üretilmeleri, daha uyumlu olmaları ve kimyasal uyum için esnek bir yapıya sahip olmaları gibi avantajlara sahip olan antimikrobiyal polimerlerdir (AP'ler). Bu tez çalışması, antimikrobiyal ajanları tasarlamayı ve etkinliklerini incelemeyi amaçlamaktadır. Doğal antimikrobiyal peptitlere benzer AMP'ler ve AP'ler tasarlamak için moleküler modelleme ve hesaplama yöntemleri kullanılmıştır. İlk olarak, tüm olası moleküllerin 2 boyutlu yapıları, sentetik orijinal moleküller ve kimyasal moleküllerin hesaplamalı olarak çizilmesiyle bir yazılım araclığıyla elde edildi. Ardından, kompütasyonel hesaplama yöntemleri ile moleküllerin yük, atomlar arası açılar, bağ uzunlukları ve 3 boyutlu yapılar gibi parametreleri belirlenmiştir. Parametreler daha sonra moleküler dinamik simülasyon yöntemi için girdi olarak kullanılmış ve tasarlanan moleküllerin hem membran hem de sulu ortamlarda nasıl davrandığı gösterilmiştir. Ayrıca, tasarlanan moleküllerin diğer moleküllerle etkileşimlerinin incelenmesi moleküler yerleştirme adı verilen bir yöntemle yapılmıştır. Böylece moleküllerin etkileştiği bölgeler belirlenerek, antimikrobiyallerin etki mekanizmaları incelenerek yeni tasarlanan moleküllerin rasyonel temellere dayandırılması amaçlanmıştır. Bu bulgular, moleküllerin proteazlara dirençli hale getirilmesinde, etkinliklerinin arttırılmasında ve toksisitelerinin azaltılmasında yol gösterici bir rol oynar.