Multivariate analysis of genomic in-silico pathogenicity predictors
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Eylül Aydın
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Özden Hatırnaz Ng
Eş Danışman: Özkan Özdemir
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Yanlış anlamlı (missense) varyantların klinik olarak yorumlanması klinik tanı sürecinde kritik öneme sahiptir. Varyant patojenitesinin değerlendirilmesi için birçok yöntem ve algoritma geliştirilmiş olsa da bu araçların performansları sınırlıdır ve hatalı ve/veya çelişkili tahmin yapabilirler. Varyantların patojenitesinin belirli tahmin araçları dikkate alınarak değerlendirilmesi yanlış pozitif ve negatif sonuçlara yol açabilir ve bu nedenle bu konuda bir standardizasyon gereksinimi vardır. Gün geçtikte veri tabanlarında biriken veriler sayesinde ve varyantların patojenitesi hakkında daha fazla bilgi sahibi oldukça, varyant sınıflandırmasını daha hassas hale getirmek için doğru sonuçlar veren algoritmaları istatistiksel yaklaşımlarla tanımlamak mümkün hale gelmektedir. Bu tez kapsamında, missense varyantlar için istatistik temelli bir akış kullanılarak tasarlanan yeni bir in-siliko patojenite tahmin (ISPT) skoru olan VAMPP-skor geliştirilmiştir. Skor, literatürde en sık kullanılan ISPT'lerin çoklu ve ikili karşılaştırmalarının yanı sıra ISPT'lerin varyant grupları arasındaki ayrım gücüne ve ortalama fark hesaplamalarına dayanmaktadır. Bu kapsamda, ISPT skorlarının tahmin doğruluklarına göre en iyi gen-ISPT skoru eşleşmeleri kullanılmış ve kombinatoryal ağırlıklı bir puan olan VAMPP-skor geliştirilmiştir. VAMPP-skor, klinikte missense varyantların yorumlanmasında önemli bir ilerleme sağlayabileceğine inanılmaktadır. İstatistiksel temeli göz önüne alındığında, VAMPP-skor bir varyantın patojenik olup olmadığına ilişkin karar vermede belirleyici bir rol oynayabilir. Özellikle, nadir ve tanısız vakaların yeniden değerlendirilmesinde genetik tanının doğruluğunu artırma ve tanı sürecini iyileştirme potansiyeline sahip olduğu düşünülmektedir.