Functional Characterization and Reclassification of Genomic Variants of Uncertain Significance in Hereditary Cancers
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: Sevdican Üstün Yılmaz
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Uğur Özbek
Eş Danışman: Meltem Müftüoğlu
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:BRCA1/2 germ hattındaki muhtemel patojenik/patojenik (LP/P) varyasyonlar farklı malignitelerin başlangıcını etkiler. Yeni nesil dizileme (YND) tabanlı kalıtsal kanser paneli test teknolojisi, kalıtsal meme ve over kanseri (KMOK) genetiğine ilişkin anlayışımızı geliştirerek, kanser gelişimi üzerindeki etkisi belirsiz kalan çok sayıda klinik önemi bilinmeyen varyasyonları (VUS) ortaya çıkardı. Çalışmamızın amacı, sırasıyla orta ve yüksek riskli kanser duyarlılığından sorumlu genler olan ATM ve BRCA2'deki anlamsız varyasyonların tıbbi sonuçlarını belirlemek için işlevsel bir analitik metodoloji oluşturmaktır. 1200 kişinin çoklu gen kanser paneli sonuçlarını geriye dönük olarak analiz ettik, beş hatalı ATM ve BRCA2 VUS seçtik ve daha ileri çalışmalar için in silico çalışmaları gerçekleştirdik. ATM c.7793G>A varyantına ilişkin ilk projemizde, alan hedefli mutajenez gerçekleştirdik ve DNA'ya zarar veren ajan bleomisine maruz kalmadan önce ve sonra ATM gen ekspresyonu ile ATM, CHEK2, TP53 proteinleri ile bunların fosforile formları ve γH2AX düzeylerini analiz ettik. Maalesef test grupları arasında anlamlı bir fark bulamadık. İkinci projemizde BRCA2 VUS'a odaklandık ve DNA'ya hasar veren ajan doksorubisin ile indüksiyon öncesi ve sonrasında PBMC'ler üzerinde comet ve γH2AX analizlerini kullanarak DNA hasarındaki değişiklikleri gözlemledik.. Kombine hesaplamalı ve fonksiyonel analizler, T1001R'nin VUS-orta seviye, T1104P/M1168K, D2819V'nin VUS(+) ve R2027K ve G2044A'nın muhtemelen iyi huylu olarak yeniden sınıflandırılmasına yol açtı. Bulgularımız, VUS'un kansere yatkın genler üzerindeki etkilerini anlamada fonksiyonel analizlerin öneminin altını çiziyor. Klinik teşhis için sağlam bir VUS analiz hattı oluşturmayı, doğru varyant sınıflandırmasını kolaylaştırmayı ve kişiselleştirilmiş kanser tedavisi stratejilerine katkıda bulunmayı hedefliyoruz.