Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: YASEMİN GÜNDOĞDU
Danışman: İbrahim Yıldız
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:
ÖZET
Giriş: Sarkomlar, erişkin malignitelerinin %1’ini içeren, 100’den fazla histolojik alt tipe sahip mezenkimal kökenli tümörler olup yumuşak doku sarkomları (YDS) ve kemik sarkomları olarak iki ana alt grupta incelenirler. Her alt tiptte altta yatan moleküler ve genetik değişiklikler, hastalığın biyolojisi ve seyri, tedavi yanıtları birbirinden farklıdır. Özellikle son 10 yılda sarkom tanı ve tedavi algoritmalarında yer alan yeni nesil dizileme (NGS) testi sayesinde sarkomlarda hem diagnostik, hem prognostik hemde tedaviyi yönlendirici bilgiler giderek artmaktadır. Bu çalışmada YDS ve kemik sarkomu tanılı hastaların kapsamlı NGS yöntemi ile genomik profillerini incelemeyi amaçladık.
Yöntem: Acıbadem Sağlık Grubu hastanelerinde takip ve tedavileri yapılan YDS ve kemik sarkomu tanısı alan 81 hastanın 4 ayrı ticari kit ile yapılmış kapsamlı NGS sonuçları retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Elektronik bilgi sistemi kullanılarak, hastaların yaş, cinsiyet, tanı anındaki yaş gibi demografik veriler ve buna ek olarak histopatolojik tanı, tümör mutasyon yükü (TMB), mikrosatellit instabilite (MSI) gibi klinikopatolojik verileri incelenmiştir. NGS test tipi, saptanan toplam mutasyon sayısı, genomik değişiklik tipleri, hedeflenebilir mutasyonlar ve ilgili FDA onaylı tedavi seçenekleri kaydedilmiştir. Önemi belirsiz varyanlar çalışmaya dahil edilmemiştir.
Bulgular: Olguların %51,8’i kadın, %48,2’si erkekti ve yaş aralığı 18-80 olan hastaların yaş ortalaması 45,26±15,68 idi. Toplam 61 hasta (%75,3) YDS tanılı idi ve en sık saptanan 3 YDS tip; indiferansiye pleomorfik sarkom (İPS) (%22,7), leiomyosarkom (%16) ve sinoviyal sarkom (%11,1) idi. Kemik sarkomu tanılı hasta sayısı ise 20 (%24,7) olup, en sık saptanan iki kemik sarkomu tanıları Ewing sarkomu (%13,6) ve osteosarkomdu (%7,4). Toplam 4 çeşit NGS testi kullanılarak 81 hastada 223 adet genomik değişiklik saptandı ve hasta başına düşen ortalama genomik değişiklik sayısı 2,74 (0-9) olarak hesaplandı. En az bir genomik değişiklik saptanan hasta sayısı 73 (%90,1) idi. Hedeflenebilir mutasyon saptanan ve FDA onaylı hedefe yönelik tedavi önerisi olan 18 (%22,2) hasta tespit edildi. En sık saptanan mutasyonlar TP53 (%38, n= 31), RB1 (%22, n= 18) ve CDKN2A (%14, n= 12 ) genlerinde idi. Genomik stabilite regülasyonu yolağında TP53 (%38) ve MDM2 (%8) geninde, hücre siklus regülasyonu yolağında RB1(%22), CDKN2A (%14), CDKN2B (%9), CDK4 (%5) ve CDKN2A/B (%1) geninde, DNA onarım yolağında RAD (%1) geninde, fosfoinozitid-3 kinaz yolağında PTEN (%8), PIK3CA (%4), mTOR (%1), ve RICTOR (%2) geninde, reseptör tirozin kinaz yolağında ALK (%2) ve FGFR (%4) geninde potansiyel hedeflenebilir genomik değişiklikler saptandı. En sık saptanan genomik değişiklikler kopya sayısı amplifikasyonu (%26,9, n= 60), kopya sayısı kaybı (%24,7, n= 55) ve kromozomal rearanjmanlar (%12,6, n= 28) idi. MSI verisine ulaşılabilen 79 hastanın tümü mikrosatellit stabildi. TMB verisine ulaşılabilen 78 (%96,3) hastanın ortalama TMB yükü 2,56±2,31 mut/Mb (0-12,1 mut/Mb) olup, TMB yükü orta seviye saptanan (12,1 mut/Mb) bir İPS tanılı hasta mevcuttu. İki olguda germline BLM ve TP53 mutasyonları saptanması üzerine olgular takip sürecinde Bloom sendormu ve Li-Fraumeni sendromu tanısı aldı.
Sonuç: Çalışmamız NGS yöntemi ile YDS ve kemik sarkomu tanılı hastalarda saptanan mutasyonları göstermiş olup, genomik profilleme testlerinin sarkomların tanı, tedavi ve prognozuna sağlayabileceği potansiyel katkısı gösterilmiştir.
Anahtar Sözcükler: yumuşak doku sarkomu, kemik sarkomu, yeni nesil dizileme, NGS, hedefe yönelik tedavi