Molecular Diagnosis with Exome Sequencing Re-Analysis of Undiagnosed and Rare Diseases
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, BİYOİSTATİSTİK VE TIP BİLİŞİMİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: SEZER AKYÖNEY
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Özden Hatırnaz Ng
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Nadir hastalıklar, Avrupa'da 2000 kişiden birini etkileyen hastalıklar olarak tanımlanmaktadır. Literatüre göre halihazırda bilinen 7000 farklı hastalık nadir olarak kabul edilmektedir ve nadir hastalıkların %80'i genetik temellidir. Daha önce tanımlanan hastalıklar ile açıklanamamış veya bugüne kadar yeterli tanı testlerinin bulunmaması nedeniyle teşhis koyulamayan nadir hastalıklardan etkilenen bireyler de mevcuttur. Tanı yöntemlerindeki gelişmeler, genetik bozukluklarda tanı oranlarını artırmıştır. Günümüzde yeni nesil dizileme, tüm genomun yüksek çözünürlüklü taranmasını sağlayan, moleküler teşhiste en yaygın kullanılan yöntemlerden biridir. Bununla birlikte, yeni nesil dizileme uygulamalarının başarı oranları %50'nin altındadır. Geliştirilen yeni teknolojilerin yanı sıra artan literatür bilgileri, gelişen biyoinformatik analiz araçları ve daha kapsamlı filtreleme yöntemleri ile bugüne kadar üretilmiş yeni nesil dizileme verilerinin başarı oranlarını artırmak mümkündür. Bu araştırmanın bir parçası olarak, nadir görülen hastalıkların teşhisi için özel olarak tasarlanmış bir biyoinformatik iş akışı geliştirdik. Farklı algoritmalarla geliştirilen birden fazla varyant çağırıcıyı birleştirerek, bir genomdaki tüm tek nükleotid varyantlarını, insersiyon-delesyon varyantlarını ve yapısal varyantları bulmayı hedefledik. Ayrıca klinisyenler tarafından hazırlanan derin fenotipleme ile gen listelerimizi büyüttük ve daha geniş bir filtreleme gerçekleştirdik. Çalışmalar sonucunda birçok hasta tanısız kalmaya devam etti. Bunun dışında iki hastada kesin tanı alırken, diğer üç hastanın varyantı doğrudan hastalıkla ilişkilendirilemedi, ancak güçlü adaylar olarak bildirildi. Bu çalışmada derin fenotipleme ve genişletilmiş filtrelemenin önemini ve nadir hastalıklar için geliştirdiğimiz ACUGEN iş akışının daha önce tanı alamamış hastaların yeniden analiz yoluyla tanı alabileceğini gösterdik.