EXPERIMENTAL SYSTEM DESIGN AND MODELLING OF EGFR EXTRACELLULAR DOMAIN AND ITS MUTANT BINDING TO ANTIBODY INTERACTING PARTNER

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Tıp Mühendisliği Tezli Yüksek Lisans Programı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2019

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: FEYZANUR ERDEMİR

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Özge Can

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR) hücre yüzeyinde aşırı eksprese edildiğinden kanser hücreleri hızla çoğalır. EGFR, her bir EGFR monomerine epidermal büyüme faktörünün (EGF) bağlanması ile dimerize olan bir zar proteinidir. Dimerizasyon, reseptörlerin hücre içi bölgesinin, hücre içi RAS gibi transdüserlerin aktivasyonuna izin vererek, oto-fosforillenmesini sağlar. Gen ekspresyonu, hücre proliferasyonunu başlatmak için serin / treonin kinaz yolu ile başlatılır. EGF veya EGFR'yi hedef alan kimyasal veya biyolojik moleküller proliferasyonun önlenmesi için geliştirilmiştir, bazıları FDA tarafından klinik kullanım için kabul edilmiştir. Bazı durumlarda etkisiz tedavi ile sonuçlanan mutasyona bağlı ilaç direnci geliştiği gözlemlenmektedir. Özellikle Cetuximab kullanan bazı hastalar ilaca direnç geliştirir. Bu nedenle, EGFR'nin hücre dışı bölgesinde mutasyona neden olan direnci tedavi planlamasına yardımcı olacak şekilde basit bir şekilde saptayabilmek büyük önem taşımaktadır. Bu projede EGFR ve R497K mutasyona uğramış EGFR N-terminal membrane dışı bölgesi, bir ekspresyon vektörüne klonlanarak, ekspresyon seviyeleri mRNA seviyesinde kontrol edilmiştir. Transfekte edilmiş CHO hücrelerinde, mutant ve vahşi tip EGFR'nin mRNA ekspresyon seviyelerinin belirlenmesi amacıyla spesifik primer setleri tasarlanmıştır. Ayrıca, R497K mutasyonunun EGFR'nin Cetuximab'a bağlanması ile ilgili etkisi moleküler modelleme ile analiz edilmiştir. Anahtar Sözcükler: Docking, Epidermal büyüme faktörü reseptörü, EGFR ilaç direnci, EGFR R497K mutasyonu, Moleküler dinamik simulasyonu