LAMP based screening kit development to detect SMA from saliva
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Ve Translasyonel Biyotıp Tezli Yüksek Lisans Programı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: ÖZDEYİŞ HÜLYA İŞGÖRDÜ
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Eda Tahir Turanlı
Eş Danışman: Osman Uğur Sezerman
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışma, Spinal Musküler Atrofi (SMA) hastalığının erken teşhisi ve taşıyıcı taraması için ilmiğe dayalı izotermal çoğaltma yöntemi (LAMP) tabanlı bir tükürük tarama kiti geliştirme amacıyla yapılmıştır. SMA, genellikle SMN1 (Survival Motor Neuron 1) genindeki mutasyonlarla ilişkilendirilen nadir görülen genetik bir hastalıktır, özellikle bebeklik döneminde görülmektedir ve motor nöronların ölümü ile sonuçlanmaktadır. Bu doğrultuda, SMN1 genindeki spesifik SMN1:c.840C>T rs1164325688 varyasyonu ve SMN1 geninin 7. ekzom bölgesindeki homozigot delesyonu hedef alınarak SMA hastalarını ve taşıyıcılarını tespit etmek için özelleştirilmiş primer setleri tasarlanmıştır. Geliştirilen kitin primer setleri, sağlıklı bireylerin SMN1 geninin 7. ekzom bölgesini güçlü bir şekilde çoğaltacak şekilde tasarlanmıştır. Taşıyıcılarda ise SMN1 geninde tek kopya mutasyon veya delesyon olduğu için bu çoğaltma sinyali sağlıklı bireylere kıyasla yaklaşık %50 daha az olacaktır. Hastalarda, SMN1 geninde çift kopya mutasyon veya delesyon bulunduğundan, çoğaltma ya hiç gerçekleşmeyecek ya da çok az olacaktır. Bu primer setleri, farklı genotip profilleri arasında kesin ve güvenilir çoğaltma sağlamak için optimize edilmiş ve titizlikle test edilmiştir. SMA için yeni geliştirilen tarama kiti, 18 hasta, 16 taşıyıcı ve 18 sağlıklı kişiden alınan tükürük örnekleri kullanılarak değerlendirildiğinde %82,35 duyarlılık ve %83,33 özgüllük gösterdi. Bu sonuçlar, kitin hem SMA hastalarını hem de taşıyıcıları belirlemede son derece doğru olduğunu ve hastalığın erken teşhisi ve müdahalesi için onu değerli bir araç haline getirdiğini gösteriyor.