Akademik Veri Yönetim Sistemi
Uluslararası 38. Türk Mikrobiyoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 4 - 08 Kasım 2018, ss.258, (Özet Bildiri)
Amaç: Sitomegalovirüs (CMV) herpes ailesinden bir virüstür. Konjenital CMV infeksiyonu, en yaygın viral infeksiyonlardan birisidir. Polimeraz zincir tepkimesi (PCR) çalışılması en az iki saat süren, eğitimli personel gerektiren ve yüksek sıcaklığa çıkmak üzere programlanabilen thermal cycler cihazına ve özel çevre ve donanım koşullarına gereksinim duyan bir yöntemdir. Rekombinaz Polimeraz Amplifikasyon (RPA), 37-42°C’de çalışan, minimum örnek hazırlama ve 20 dakikadan daha kısa sürede 1-10 DNA hedef kopyalarına kadar amplifiye edebilmesi sayesinde oldukça hassas ve seçici bir izotermal amplifikasyon tekniğidir. Bu çalışmada CMV’nin RPA yöntemi ile hızlı, duyarlı ve özgün şekilde, özel bir cihaza gereksinim olmaksızın gerçek zamanlı izotermal amplifikasyon yönteminin kullanılarak saptanmasını amaçladık. Yöntem: CMV tespiti için RNA 2.7, RL10 ve U32 bölgelerini hedefleyen primerler ve kitin içeriğine uygun 6-carboxyfluorescein (6-FAM) ile işaretli problar tasarlanarak gerçek zamanlı RPA (rt-RPA) çalışması yapıldı. Amplifikasyon 39 °C’de 20 dakikada gerçekleştirildi. RPA çalışmasında Twistamp Exo kitin protokolü kullanıldı. Referans olarak belirlediğimiz CMV pozitif kökenin DNA konsantrasyonu Thermo Scientific Varioskan cihazı ile ölçüldü, DNA’nın dilüsyonları kullanılarak analitik sensitivite belirlendi. Daha sonra 77 klinik plazma örneği izole edilerek bu örneklerden gerçek zamanlı-PCR (rt-PCR, kPCR PLX CMV DNA Assay siemens) ve rt-RPA analizleri çalışıldı ve sonuçları karşılaştırıldı. Bulgular: (sayısal ve/veya istatistiki veriler) 77 klinik örneğin, rt-PCR ile çalışmasında 29 (%38) pozitif sonuç, 48(%62) negatif sonuç elde edilmiştir, rt-RPA çalışmasında ise 31(%40) pozitif sonuç, 46 (%60) negatif sonuç elde edilmiştir. Bu sonuçlar arasındaki ilişki tablo1’de belirtilmiştir. Rt-PCR ve rt-RPA arasındaki korelasyon %89.6 olarak hesaplanmıştır. Sonuç(lar): Geliştirilmiş rt-RPA, hasta başında kolayca kullanılabilecek, özel bir donanıma gerek olmaksızın CMV’nin hızlı, basit ve güvenilir şekilde saptanması için yararlı bir yöntemdir. Anahtar Kelimeler: Cytomegalovirus, real-time PCR, İzotermal Rekombinaz Polimeraz Amplifikasyon Yöntemi