Akademik Veri Yönetim Sistemi
31. Ulusal Patoloji Kongresi, 26-30 Ekim 2022, İzmir, Türkiye, 26 - 30 Ekim 2022, ss.103-219
Giriş ve Amaç Homolog rekombinasyon eksikliği (HRD), bir hücrenin homolog rekombinasyon onarım yolunu kullanarak DNA çift sarmal kırıklarını tamir edememesi ile karakterize bir fenotiptir. Bu yolakta yer alan genlerin fonksiyon kaybının, tümörleri “poliadenozin difosfat (poliADP)-riboz polimeraz (PARP)” inhibitörlerine ve platin bazlı kemoterapiye duyarlı hale getirdiği gösterilmiştir. Klinikte, kalıtsal BRCA1/2 mutasyon durumu HRD’nin ana genetik biyobelirtecidir. Bununla birlikte HRD’nin tamamen somatik olaylar tarafından ya da BRCA harici genlerdeki mutasyonlar tarafından gelişebilme ihtimali de mevcuttur. Bu bildiride klinikte tedavi planlama sürecinde tümörlü dokuda HRD analizi talebi yapılan olgularımızda kullandığımız yöntem ve elde ettiğimiz bulgular paylaşılmıştır. Yöntem Çalışmaya 2019-2022 yılları arasında, klinik takibi merkezimizde yapılan ya da dış merkezden moleküler inceleme amacıyla merkezimize yönlendirilen, HRD’nin araştırıldığı hastalar dahil edilmiştir. Moleküler inceleme hastaya ait, formalinde fikse edilmiş, primer ya da metastatik tümör dokusunu içeren parafin bloğa uygulanmıştır. Parafin bloktan 5 µm kalınlığında alınan kesitler deparafinize edildikten sonra “GeneRead DNA FFPE KIT” kullanılarak, “QIAxpert” yeterlilik kriterlerini karşılayan miktarda DNA izolatı elde edilmiştir. Moleküler analiz, “MINISEQ SEQUENCING SYSTEM, ILLUMINA” platformunda, SOPHiA DDM V 4.9.7 yazılımı kullanılarak yapılmıştır. Moleküler panel, HRD ile doğrudan ilişkili veya HRD sürecinde rol oynayan 16 geni içermekte olup, bu genlerde insersiyon/delesyon ve tek nükleotid değişiklikleri araştırılmıştır (Tablo 1). Bulgular Çalışmada toplam 51 hasta HRD yönünden değerlendirilmiştir. Hastaların yaş ortalaması 59,4, kadın/erkek oranı 2,4 olarak bulunmuştur. Aile öyküsünün sorgulandığı 16 olgunun 7’sinde (%44) en az bir tane 1. ya da 2. derece akrabada malignite öyküsü mevcuttur (Tablo 2). Tümörlerin elde edildiği dokuların 35’i (%69) primer, 15’i (%29) metastatik, 1’i (%2) ise primer/metastatik ayırımı yapılamayan odaktan alınmıştır. Saptanan patojenik mutasyonlar sıklık sırasıyla TP53 (n=28), BRCA1 (n=8), ATM (n=4), BRCA2 (n=2), BARD1 (n=2), CHEK2 (n=1), PALB2 (n=1), CDK12 (n=1) şeklindedir. Tümörlerin kaynaklandığı dokular ile saptanan patojenik mutasyonlar Tablo 3’te ele alınmıştır. Sonuç Moleküler analiz sonucu HRD, tümörlerin 15’inde (%29) pozitif, 34’ünde (%67) negatif, 2’sinde (%4) ise kuşkulu olarak değerlendirilmiştir. NGS (yeni nesil dizileme) okuma derinliği göz önüne alınarak yapılan değerlendirmede, BRCA1 mutasyonlarının 5’i kalıtsal 3’ü somatik, BRCA2 mutasyonlarının 1’i kalıtsal 1’i somatik, BRCA dışı HRD genlerindeki mutasyonların ise tamamının somatik olduğu görülmüştür. Serimizdeki HRD olgularının 7’si over, 4’ü prostat, 2’si pankreatobiliyer, 1’i endometrium kökenli, 1’i ise primeri tanımlanmamış karsinomlardır. Ovaryan HRD olgularında en sık seröz karsinom görülmüştür (n=5) ve bunların tümünde BRCA1 mutasyonu vardır. Bu tümörlerin platin bazlı kemoterapiye ve PARP inhibitörlerine duyarlılığı gösterilmiş olup (1), delesyonel BRCA1/2 mutasyonları gösteren yüksek dereceli ovaryan seröz karsinomlarda PARP inhibitörlerinin kullanımı FDA (Food and Drug Administration) tarafından onaylıdır. Serimizdeki diğer iki ovaryan HRD olgusu ATM ve CHEK2 mutant mikst seröz/endometrioid/berrak hücreli karsinom ile BRCA2 ve TP53 mutant andiferansiye karsinomdur. Bu her iki olguda en az 2 akrabada malignite öyküsü mevcuttur. Prostatik 4 HRD olgusunda izlenen mutasyonlar şu şekildedir: BRCA1&TP53, BRCA1, ATM ve PALB2. BRCA1/2 ya da ATM mutant prostat kanserlerinde PARP inhibitörlerinin kullanımı NCCN (National Comprehensive Cancer Network) kılavuzunda yer almaktadır (2); PALB2 mutant olguların da aynı tedaviden fayda sağlayabileceği bildirilmiştir (3). Pankreatobiliyer 2 HRD olgusu BARD1 mutant ampuller mikst intestinal/pankreatobiliyer adenokarsinom ile ATM mutant metastatik bir pankreatobiliyer sistem karsinomudur. Bu mutasyonlarda hedef tedavi pankreatobiliyer sistemde rutin kullanıma girmese de ampuller adenokarsinomlarda HRD için genetik yatkınlığın araştırılması önerilmektedir (4). Endometrial seröz karsinomlarda PARP inhibitörü kullanımı overdeki eşdeğerinin aksine rutin kullanıma girmese de bu konudaki klinik araştırmalar devam etmektedir (5). HRD açısından kuşkulu olarak değerlendirmiş olduğumuz iki olgu vardır. Bu olgulardan ilki, HRD genlerinde saptanan tek anormalliğin CHEK2 genindeki “VUS (variant of uncertain significance/önemi belirsiz varyant)” olduğu bir metastatik endometrioid adenokarsinomdur (Bu olgu patojenitesi belirsiz olduğu için Tablo 3’te yer almamıştır). Veri tabanlarında hem normal popülasyonda hem de ailesel kanser olgularında nadir olarak saptanan bu CHEK2 varyasyonu nedeniyle, klinik yönetim açısından aile öyküsünün sorgulanması, eğer pozitifse bu varyasyonun o vakalarda analizi ve genetik danışma önerilmiştir. İkinci kuşkulu HRD olgusu ise CDK12 geninde mutasyonun saptandığı bir prostatik asiner adenokarsinomdur. Biallelik olarak saptanan mutasyonlar normal popülasyonda hiç rastlanmamış ve daha önce prostat ve kolon kanserlerinde bildirilmiş olan patojenik varyasyonlardır. CDK12 genindeki defektlerin homolog rekombinasyon mekanizmasını dolaylı olarak bozduğu ve tümörlerde PARP inhibitörü duyarlılığı ile ilişki gösterdiği bildirilmiş (6) olmakla birlikte olgumuzda izole olarak saptanması nedeniyle HRD konusunda ileri yorum yapılmamıştır. Serimizdeki olguların HRD genleri ve TP53 mutasyon sayıları Şekil 1’de özetlenmiştir. BRCA genleri HRD açısından tarihsel ve prototipik örneklerdir. Bununla birlikte homolog rekombinasyon mekanizmasında yer alan diğer birçok genin (ATM, CHEK2 vb.), serimizde de olduğu gibi BRCAwt (wild-type) tümörlerde izole veya kombine olarak somatik mutasyonlar gösterebildikleri ve benzer terapötiklere hedef olabileceklerini vurgulayan çok sayıda çalışma yapılmaktadır. Bu açıdan BRCA1/2 genlerine ek olarak diğer HRD genlerini içeren panellerin tasarlanması ve aile öyküsünün detaylıca araştırılması moleküler hedefli tedavi yaklaşımları açısından oldukça önemlidir.