BRCA1 Geninde Bulunan N550H, F486L ve Y179C SNP’lerinin Birlikteliklerinin in silico Araştırılması

Erenel A., Konu Karakayalı Ö., Tahir Turanlı E., Tokcaer Keskin Z.

Diğer, ss.118-119, 2022

  • Yayın Türü: Diğer Yayınlar / Diğer
  • Basım Tarihi: 2022
  • Sayfa Sayıları: ss.118-119
  • Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Adresli: Evet

Özet

Meme Kanseri (BC), kadınlarda görülen en yaygın, dünya genelinde ise artan vaka oranıyla üçüncü en yaygın kanser türüdür [11, 12, 13, 14]. Genomik araştırmalar, Meme Kanseri Gen 1 (BRCA1) üzerindeki N550H, F486L ve Y179C varyantlarının birliktelik gösterebileceklerini ve BC oluşumunu [15, 16, 17, 18, 19, 20] etkiliyor olabileceğini ortaya çıkardı. Birliktelik gösteriyorlarsa, varyantları ayrı ayrı araştırmak yanlış yönlendirme olacaktır. Bu çalışmadaki amaç 1) Y179C, F486L ve N550H’nin aynı haplotip üzerinde olup olmadığını ve birliktelik gösterme durumunu ve 2) Y179C, F486L ve N550H’nin birlikteliğinin patojenik olup olmadığını araştırmaktır. Bu çalışma sırasında, SNP’lerin frekansları ve koruma puanları, haplotip durumu, bağlantı dengesizliği (LD), ikili ve üçlü birlikte oluşum durumları, BRCA1 transkriptleri ve olası protein değişiklikleri veri portalları ve R aracılığıyla araştırıldı. Sağlıklı veri seti (2,504), genel kanser veri seti (296) ve BC veri seti (98) karşılaştırılarak, N550H, F486L ve Y179C’nin birlikteliği ile kanser/BC oluşumu arasındaki ilişki gösterildi. İlişkilendirmeler lojistik regresyon, olasılık oranı, Fisher’s Exact Testi ve Ki-Kare testi ile test edildi. Tüm sonuçlar, patojenite için varyant sınıflandırma kılavuzlarıyla çapraz kontrol edildi. Sonuç olarak, bu SNP’lerin aynı haplotip paterni ile uyumlu oldukları gösterilmiştir; ikili ve üçlü birliktelik deneyleri, bu üç SNP’nin birliktelik hipotezini destekledi ve ayrıca patojenite hipotezini güçlendirdi. Birliktelik olan bireylerde kanser (Odds Ratio (OR): 34.28, olasılık değeri (p-değeri): 0.0006) ve BC (OR: 52.15, p-değeri: 0.0041) olma ihtimalinin anlamlı olarak daha yüksek olduğu gösterilmiştir. in silico çalışmalarla elde edilen sonuçları güçlendirmek adına daha fazla in vitro araştırma yapılması gerekmektedir.

Breast Cancer (BC) is the most common cancer type seen in women and the third most common one worldwide with an increasing rate of cases [11, 12, 13, 14]. Genomic studies revealed N550H, F486L, and Y179C SNPs on Breast Cancer Gene 1 (BRCA1) may be co-occurring and affecting the BC formation [15, 16, 17, 18, 19, 20]. If they co-occur, investigating them individually would be misdirecting. In this research, the aim was to investigate whether 1) Y179C, F486L, and N550H are on the same haplotype and co-occur and 2) co-occurrence of Y179C, F486L, and N550H is pathogenic. During this study, frequencies and conservation scores of SNPs’, haplotype status, linkage disequilibrium (LD), dual and triple co-occurrence statuses, BRCA1 transcripts, and possible protein changes are investigated through data portals and R. By the comparison of the healthy dataset (2,504), general cancer dataset (296), and BC dataset (98), association between co-occurrence of N550H, F486L, and Y179C with cancer/BC formation is done. Associations are tested with logistic regression, odds ratio, Fisher’s Exact Test, and Chi-Square test.   All results are cross-checked with the variant classification guidelines for pathogenicity. As a result, these SNPs coherent with the same haplotype pattern, co-occurrence experiments supported the co-occurrence of these three SNPs and also strengthen the pathogenicity hypothesis. It was shown that odds to have cancer (Odds Ratio (OR): 34.28, probability value (p-value): 0.0006) and BC (OR: 52.15, p-value: 0.0041) are significantly higher for the individuals with triple co-occurrence. More in vitro research needs to be done to strengthen the pieces of evidence obtained in silico.