Formalinle fikse edilmiş ve parafine gömülmüş mide biyopsi örneklerinde maldı-görüntüleme yöntemi optimizasyonu
Tez Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Biyokimya Ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tez Danışmanı: Dr. Öğr. Üyesi Yasemin Uçal
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:
Matriks destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon (MALDI) görüntüleme kütle spektrometresi (MSI) yöntemi, kütle spektrometresinden elde edilen yüksek çözünürlük ve doğruluğu histolojik bilgilerle birleştirerek analitlerin doku üzerindeki uzamsal dağılımını belirler. Son yıllarda kullanımı hızla artan MALDI-MSI yöntemi için laboratuvarlar arasında standart operasyon prosedürleri açısından farklılık olması yöntemin kliniğe adaptasyonunda zorluklara neden olmaktadır. Bununla birlikte formalinle fikse edilip parafine gömülmüş (FFPE) doku biyopsilerinin örnek miktarındaki yetersizlik, özellikle MALDI-MSI tabanlı proteomik çalışmalar için farklı optimizasyon yaklaşımlarını ortaya çıkarmaktadır. Tez çalışmasında, biyopsi örneklerinin hem az miktarda doku içermesi ve hem de literatürde optimize edilmiş protokollerin yer almaması sebebi ile FFPE mide biyopsi örnekleri kullanılarak MALDI-MSI yöntemi için uygun parametrelerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda dokulara uygulanacak tripsin ve matriks konsantrasyonu, yıkama koşulları, kesit kalınlığı ve antijen geri kazanım basamakları ayrı aşamalarda optimize edilmiştir. Tez çalışması sonucunda, optimize edilmiş parametrelerle MALDI-MSI yöntemi kullanılarak farklı antijen geri kazanım tampon çözeltileri ve farklı enzim konsantrasyonları karşılaştırılarak analiz edilmiştir. Ek olarak, bu analizlerin m/z değerlerine karşılık gelen protein tanımlamaları LC-MS/MS yöntemi ile değerlendirilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre, FFPE mide biyopsi örneklerinde çok sayıda ortak protein bulunmuştur. Tanımlanan proteinler arasında aktin iskelet proteinleri, protein katlanması ve stabilizasyonunda yer alan şaperon proteinleri ve hücresel metabolik süreçlerde yer alan proteinlerin önemli rol oynadığı gösterilmiştir