Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tez Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü, Mühendislik Ve Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya Bölümü, Türkiye
Tez Danışmanı: Talat Yalçın
Tezin Onay Tarihi: 2013
Tezin Dili: İngilizce
Özet:
Bu tez düşük-enerjili çarpışmayla-indüklenmiş ayrışma (CID) altında peptit b iyonlarının gaz-fazı parçalanma mekanizmalarının detaylı çalışmalarını göstermektedir. b iyonlarının gaz-fazı yapılarının ve parçalanma mekanizmalarının anlaşılması özellikle peptit kütle spektrumlarının yorumlanması için önemlidir. Son zamanlarda, büyük bn (n = 5, 6, 7...) iyonlarının makrohalkalı yapı oluşturduğu ve bu yapının bilinmeyen peptitlerin sekanslanmasında hataya yol açabileceği gösterilmiştir. Bu nedenle, tezin ilk bölümünde çeşitli hepta- ve oktapeptiler kullanılarak asidik amino asitin (glutamik veya aspartik asit) makrohalkalı yapının oluşmasına olan etkisi araştırılmıştır. Sonuçlar göstermiştir ki, peptitlerdeki ne asidik amino asitlerin varlığı ne de pozisyonları b iyonlarının makrohalkalaşmasını engellemiştir. Buna ek olarak, asidik amino asitlerin tercihli bölünmesinin uygulanan çarpışma enerjisine olan bağlılığı makrohalkalı b iyonları için incelenmiştir. İkinci bölümde, peptinin N-ucu asetillenmiş olsa bile lizin amino asitinin yan zincirindeki ?-amin grubun b iyonlarının makrohalkalaşmalasına olan etkisi incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar, makrohalkalaşmanın N-ucu asetillenmiş olan peptitteki lizinin ?-amin grubu ile okzazolon yapısı arasında gerçekleştiği ortaya koymuştur. Diğer taraftan, N-ucu asetillenmiş peptitlerdeki lizinin pozisyonu b iyonlarının makrohalkalaşma için önemli bir parametredir. Tezin üçünçü ve dördüncü bölümlerinde ise, asetillenmiş lizin veya yan zincirlerinde hidroksil grubu içeren model peptitlerden elde edilen b iyon serilerinin CID kütle spektrumlarında yeni parçalanma iyonlarının varlığı saptanmıştır. Bu yeni oluşan iyonların gaz-fazı yapıları ve parçalanma mekanizmaları çok-aşamalı ikili kütle spektrometresi (MS4) deneyleri ile çalışılmıştır. Sonuç olarak, bu çalışmalarda gösterilen sonuçlar peptit sekanslarının doğru ve güvenilir bir şekilde açıklamak için kullanılabilinir ve bu durum proteomik çalışmalar için gerekli olan protein tanımlama stratejilerini geliştirebilir.