Projemiz ile öncelikli olarak en yüksek sayıda vaka raporlanan il olan İstanbul’da görülen COVID-19 hastalarından 10’arlı set halinde üç hafta süresince elde edilecek SARS-CoV-2 virüs RNA’ları genom dizileme işlemine alınacak ve biyoinformatik analizleri yapılacaktır. Böylelikle İstanbul'da dolaşımda olan COVID-19 genomunda dünyanın diğer noktalarında raporlanan dizilere kıyasla biriken mutasyon varyant haritası çıkarılacak ve bu varyasyonlara spesifik RT-qPCR ve RT-LAMP teknolojilerine dayalı tanı kitleri geliştirilecektir. Bu hususta, her iki tip kitin de özgüllüğü ve duyarlılığındaki en önemli etken kullanılan primerler olacaktır. Literatürdeki diziler ve İstanbul’dan toplanacak viral genom dizileri biyoinformatik iş akışına sokularak İstanbul bölgesi başta olmak üzere ülkemizde görülen tipleri de hedefleyebilecek spesifik primerler dizayn edilecektir.

COVID-19 tanısında en çok kullanılan tanı yöntemi RT-qPCR temellidir. Ülkemizde de başvurulan bu yöntem yüksek duyarlılık göstermektedir, ancak yalnızca yüksek donanımlı laboratuvarlarda ve uzman personeller tarafından kullanılabilmektedir. Projemiz ile geliştirilecek primerler ile RT-qPCR temelli çalışmaların hassasiyeti ve spesifitesi arttırılırken, geliştirilmesi planlanan RT-LAMP kiti ile de pahalı cihaz ve uzman personel ihtiyacının ortadan kalktığı, sağlık ocaklarında dahi sürdürülebilecek hızlı bir yöntem sunulmuş olacaktır.

Bu çalışma ile geliştirilen iş akışı, optimizasyon süreçleri ve teknoloji altyapısı ile ileriki tarihlerde yaşanabilecek diğer salgınlara kolaylıkla adaptasyon sağlanabilecektir. Bu sayede, yeni tanı yöntemlerinin geliştirilmesinde örnek teşkil edecektir. Yeni veriler geldikçe kendi kendini güncelleyip test edebilecek şekilde geliştirilen algoritma, gelecekte başka virüs türleri için kullanılması gereken primerlerin kombinasyonlarını belirleme yetisine sahip olacaktır.