Akademik Veri Yönetim Sistemi
Onat U. İ., Tahir Turanlı E. (Yürütücü)
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, 2022 - 2024
Yeni nesil ekzom ve genom dizileme (YND) tekniklerinin gelişmesiyle, önceden tek gen hastaliklari olarak tanimladiğimiz birçok ‘Mendelyen’ hastaliğin aslinda tek-genli kalitim modeline tam olarak uymadiğini görmekteyiz. Bu problemin temelini oluşturan öğelerden biri, hastalik genlerinin ilk önce kisitli sayida ailelerde bağlanti ve/veya ekzom dizileme yöntemleri ile tanimlanmasidir. Bir diğeri de hastaliklarin çoğunda var olan klinik heterojenitedir ve bu tip örtüşen semptomlara sahip hastaliklarda ayirici taniyi zorlaştirmakla beraber genetik taninin önemini vurgulamaktadir.
Kalitsal nadir otoinflamatuar hastaliklar da bu gruba girmektedir ve Ailesel Akdeniz Ateşi (AAA) aralarinda en bilinmiş, çoğunlukla otozomal resesif kalitilan, ülkemiz coğrafyasinda da en sik görülen hastaliktir.
Önceki çalişmalarimizda, AAA tanisi almiş ancak hastaliğin geni olan Mediterranean Fever (MEFV) geninde patojenik varyantlari taşimayan, fakat inflamasyon yolağinda rol oynayan ve başka hastaliklarin genlerinde varyantlar taşiyan bir grup hastayi (hem ailesel hem sporadik) hedefli tüm gen dizileme yöntemleri ile tanimladik (1). Burada sunulan projenin amaci, AAA tanisi almiş, MEFV negatif, birden fazla hasta üyesi olan iki farkli ailede, PSTP1P1 (Prolin-Serin-Treonin Fosfataz Etkileşimli Protein 1) genindeki nadir anlam kaydiran p.R228C (NM_003978.5: c.C682T, rs781341816) ve p. A372V (NM_003978.5: c.C1115T, rs200188483) varyantlarinin in vitro hücre kültürü modellerinde pyrin inflamazomunda işlevselliklerini araştirmaktir.
PSTPIP1 geni üzerindeki p.A230T ve p.E250Q patojenik varyantlari çok ağir seyreden, inflamatuar deri lezyonlarina neden olan PAPA sendromu ile ilişkilendirilmiştir. Ayrica pyrin ve PSTPIP1 proteinlerinin etkileşimi de önceden gösterilmiştir (2). Ancak, yukarida tanimladiğimiz varyantlarin pyrin proteini üzerinden nasil etkileştiği ve dolayli olarak PAPA değil de AAA kliniğinde etkili olabileceği daha önceden sorulmamiş ve çalişilmamiştir. Bu araştirma sorusunun bir basamaği olarak sunulan projede, her iki proteini de üreten ve monosit hücre hatti olan THP-1 hücreleri kullanilacaktir. Bu hücrelerde, Crisper/Cas9 yöntemi ile PSTPIP1 geninde yukarida belirtilen c.1115T ve c.682T varyantlari için ayri ayri genom düzenlemeleri yapilacak, yabanil(C aleli) /mutant (T aleli) stabil taşiyan hücrelerde pyrin inflamazom indüklenmiş koşullarda inflamasyon belirteçleri, pyrin proteini ile etkileşimleri ko-immün-presipitasyon yöntemleri ile karşilaştirilacaktir. Bazi çalişmalar MEFV gen mutasyonlarinin, pyrin ekspresyonunu azaltarak kaspaz-1 enflamasyon inaktifleşmesi sonucunda artan IL-1β ve durdurulamayan inflamasyonu işaret etmektedir (3). Bu durumda MEFV mutasyonlarindan bağimsiz PSTPIP1 p.C228R ve p. A372V yanliş anlamli varyantlarinin pyrin inflamazomundaki olasi rolü ilk defa bu çalişma ile gösterilmiş olacaktir.