Türkiye'de Yerli Bir Viseral Leishmaniasis Olgusunda ilk Kez Tanımlanan Leishmania Donovani / L. Infantum Hibridinin Ayrıntılı Genomik ve Proteomik Karakterizasyonu ile in vivo Koşullardaki Patojen Etkilerinin ve Oluşturduğu Iİmmün Yanıtın Fare Modelinde L. Donovani ve L. Infantum'un Referans Suşlarıyla Karşılaştırmalı Analizi


KURT Ö. (Yürütücü), CAN Ö.

TÜBİTAK Projesi, 2018 - 2021

  • Proje Türü: TÜBİTAK Projesi
  • Başlama Tarihi: Kasım 2018
  • Bitiş Tarihi: Nisan 2021

Proje Özeti

Türkiye'nin üç kıtanın ortasında bulunan konumu Asya ve bazen Afrika'dan Avrupa'ya ulaşmaya çalışan mültecilerin seyahatlerinde geçiş yeri olmasına neden olmaktadır. Bunun yanında, yıllık sıcaklık ortalamalarındaki artış ve buna bağlı vektörlerin yaşam sürelerinin uzaması ve turistik seyahatler için ülkemizin bir bağlantı noktası olması Türkiye'deki olguların ve enfeksiyon odağı bölgelerin sayısında belirgin artışa yol açmıştır.  Doğada Leishmania türleri arasında gerçekleştiği deneysel olarak da gösterilen genetik madde alışverişi ve buna bağlı hibrid suş oluşumu saptanmıştır. Doğaya uyum, direnç ve sağ kalım için avantaj elde etmeye yönelik hibridleşmenin Leishmania türleri arasında beklenenden sık görülüyor olabileceği ve oluşan hibrid suşların geleneksel tanı ve tedavi yöntemlerine yanıt vermeyebileceği, bu nedenle yakın gelecekte VL olgularında tedaviye rağmen daha yüksek mortalite oluşabileceğinden endişe edilmektedir. Nitekim son yıllarda ülkemizde tanısı güç, tedaviye dirençli leishmaniasis olgularının görülmeye başlandığı gözlenmektedir. Geçtiğimiz yıl yayınlanan bir uluslararası makalede, ülkemizin farklı şehirlerinden 1?i VL, 5?i kutanöz leishmaniasis (KL) tanısı konulmuş toplam 6 leishmaniasis olgusunun etkeninin L. donovani olduğu bildirilmiş, KL olgularından birinin etkeninin ileri analizde L. donovani/L. infantum hibridi olduğu gösterilmiştir. Bu veriler ışığında, hibrid Leishmania?ların klinik olgularda nadir görülmediği, farklı klinik tablolarla ortaya çıkabildiği ve klinik açıdan önemli olduğu söylenebilir. Saptanan hibrid Leishmania suşlarının genomik ve proteomik karakterizasyonları ile virülanslarının moleküler ve deneysel çalışmalarla gösterilmesi, bu suşlara bağlı enfeksiyonlara karşı alınacak önlemlerin temelini oluşturacaktır. 

Bu amaçla; çalışmamızda hastanede yatan bir VL hastasından izole edilen ve Leishmania?lara ait ITS-1, hsp 70 ve cpb gen bölgelerinin PCR ile çoğaltılıp sonrasında DNA dizi analizi ile incelenmesiyle Leishmania donovani/L. infantum hibridi olduğu gösterilen olgunun öncelikle yeni nesil sekans analizleri ve sonrasında biyoinformatik değerlendirmelerle ayrıntılı genomik ve proteomik karakterizasyonu gerçekleştirilecektir. Bunun dışında: elimizdeki referans L. donovani ve L. infantum suşlarını kullanarak bu üç suşun:

- Konak hücreye girişlerinde rol oynayan hücre çeperi protein profillerinin LC-MS/MS kütle spektrometresi yöntemiyle belirlenip karşılaştırılması,

- Yine fare modelinde hibrid suşun neden olduğu immün yanıta ait bazı parametrelerin (Th1, Th2, Th9, Th17 ve Treg hücreleri) gen ekspresyon, sitokin ve protein düzeylerinde belirlenip karşılaştırılmaları amaçlanmaktadır.

Çalışma sonucunda elde edilecek, bilimsel literatüre katkı sağlaması beklenen veriler multidisipliner bakışla değerlendirilecek, gelecekte ülkemizde tedaviye dirençli L. donovani/L. infantum hibrid suşunun patojenik etkilerinden sorumlu protein yapıları ve bunların üretiminden sorumlu gen bölgeleri saptanmış olacaktır. Sonraki proje döneminde belirlenecek önemli protein molekülleri üzerinden aşı çalışmalarına yönelinmesi de düşünülmektedir.

Proje ekibinde bulunan araştırmacıların Balb/C farelerde leishmaniasis modelleri oluşturulması, Leishmania türlerine yönelik moleküler testler, proteomik çalışmalar ve yeni nesil sekans analizleri sonrası elde edilecek yoğun biyoinformatik bilgiyi çözümleyecek bilgi ve tecrübe birikimleri mevcuttur. Projenin bir yürütücü, üç araştırmacı, üç danışman ve iki doktora öğrencisi bursiyerden oluşan ekip ile toplam 30 ayda tamamlanması planlanmaktadır.