Analysis of genetic biomarkers in glioma diagnosis and prognosis: Focus on ECE1 rs3026809 variant

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri Bölümü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2026

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: Gizel Gerdan

Danışman: Cemaliye Akyerli Boylu

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Gliomlar, yetişkinlerde en sık görülen primer beyin tümörleridir ve yüksek derecede moleküler heterojenlik gösterirler. Tanıda yaygın olarak kullanılan 1p/19q kodelesyonu ve IDH mutasyonları gibi klasik belirteçler, tümör davranışını tam olarak açıklamakta yetersiz kalabilir. Bu eksikliği gidermek amacıyla, gliomlarda düzenleyici varyantların katkısı araştırılmıştır. Çalışmanın ilk aşamasında, hedeflenmiş dizileme verileri Ensembl VEP ile analiz edilmiş ve 1p/19q kodelesyonu bulunan oligodendrogliomalarda, 1p ve 19q üzerindeki genlerde yer alan düzenleyici varyantlara odaklanılmıştır. Seçilen varyantlar Sanger dizileme ile doğrulanmış ve gliom örneklerinde AS-PZR ile RFLP yöntemleri kullanılarak taranmıştır. Fonksiyonel etkiler ise biyoinformatik tabanlı araçlarla değerlendirilmiştir. ECE1 rs3026809 (G>A) düzenleyici varyantı, oligodendrogliomalarda (n=7/15) ve GBM'de (n=9/9) gözlenirken, kontrol grubunda saptanmamıştır (n=1). İstatistiksel analizler, bu varyantın tümör derecesi ile anlamlı şekilde ilişkili olduğunu göstermiştir (p=0.0082); ancak Ki-67 indeksi ile anlamlı bir ilişki bulunmamıştır (p=0.173). Ayrıca, ikili karşılaştırmalar Oligo3 (p=0.005) ve tüm oligodendroglioma derecelerinin (p=0.009) GBM ile anlamlı ilişkisini ortaya koymuştur. Ek olarak, lojistik regresyon analizi %90,5 doğrulukla Ki-67 indeksi ve tümör derecesi ile güçlü bir ilişki göstermiş; farklı gen ifade analizi ise, ECE1'in GBM'lerde DDG'lere kıyasla arttığını ortaya koymuştur. Varyantın bulunduğu genomik bölgenin türler arasında korunmuş olması, potansiyel fonksiyonel önemini desteklemektedir. Bu bulgular, rs3026809 varyantının kötü huylu tümör progresyonunu etkileyen düzenleyici bir modülatör olabileceğini ve gliomlarda kodlamayan varyantların moleküler sınıflandırma açısından önemini ortaya koymaktadır.